El espacio ultraterrestre, el futuro lejano. Una nave de semillas solitaria, la Sidonia, llena el vacío, diez siglos después de la destrucción del sistema solar. Las formas de vida extraterrestres masivas, casi indestructibles, pero apenas sensibles, que destruyeron el mundo natal de la humanidad continúan planteando una amenaza existencial. Nagate Tanikaze solo ha conocido la vida en las entrañas del recipiente, debajo de los estratos brillantes donde los humanos han logrado la fotosíntesis y nuevos géneros. Sin embargo, no mucho después de que emerge del metro, la capitana de cabeza fría de la nave espacial legó al joven un legado preciado.
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